標準的な石垣島3泊の日程でスケジュールを考えてみましょう。
この計画はアクティブに行動する人に向いています。
1日目 石垣島でゆっくりする。或いは米原や白保でシュノーケルをする。
ほとんどが昼食後の行動となりますので、離島に行くのは無理でしょう。
石垣島なら好みに応じて楽しめる場所がたくさんあります。
2日目 石垣島を一周ドライブする。石垣島の回り方を参考にしてください。
このプランでは石垣島の最大の特徴であるサンゴ礁の海の展望や、サンゴや魚たちを実際に見てみる事ができます。
シュノーケリングをやるなら米原か白保がお薦めです。
或いはアイランド石垣の１日ツアーを利用すると、１日が有効に過ごせます。
3日目 西表島に日帰りで行く。
石垣島でやるより更に面白いのがジャングルの川や滝見学、カヤックでしょう。
日帰りツアーは石垣島発、現地発ともたくさんあり予約無しでも参加できますが、少人数制のエコツアーに参加する場合は遅くとも前日までに電話で確認した方が良いと思います。
4日目 朝から竹富島に行き、帰りの飛行機に合わせて空港へ（飛行機の出発が14時より後の場合）
琉球の伝統的な集落が住んでいる形で残っている唯一の場所です。時間が止まったようなのんびりした村で、前日までのようなハードなスケジュールを避け、ゆったりと過ごすのが良いでしょう。

西表島・竹富島に関しては「八重山の離島」のコーナーで詳しく説明してあります。

天気によって計画を変える。
こちらの天気予報はあてになりません。特に週間予報はそうです。
天気がいい日に石垣島を回るのがいいと思います。石垣島は八重山で最もサンゴ礁の展望が美しいのでそれを最優先させるのです。
逆に天気の悪い日は（雨でも少しだけ降るようなら）暑い時歩くのがつらい竹富島の集落や、西表島でジャングルやマングローブ・滝の見学がいいと思います。こちらの曇りは結構明るく、薄曇りが本土の晴れぐらいの明るさがあります。
上の例では2日目が曇り、3日目が晴れなら2日目に西表島に行ってしまうのがいいでしょう。

竹富島は半日でも十分楽しめますので、石垣島の半日ドライブや、シュノーケリングなどとくっつけて一日プランにすることができます。また、最終日が19時頃発の飛行機の方はこの日丸一日が有効に使えますから、2日目の予定を最終日にもってくることも十分可能です。
ひと味違った観光へ